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多種不同方法可用于研究程序性細(xì)胞死亡或細(xì)胞凋亡。 細(xì)胞死亡是復(fù)雜的、動(dòng)態(tài)級(jí)聯(lián)反應(yīng)過(guò)程，這意味著應(yīng)用多參數(shù)評(píng)估細(xì)胞凋亡方法的重要性。 了解細(xì)胞死亡和存活機(jī)制是毒理分析和藥物應(yīng)用中一個(gè)非常關(guān)鍵的內(nèi)容。 

細(xì)胞 光學(xué)顯微鏡和倒置顯微鏡
（1） 未染色細(xì)胞：凋亡細(xì)胞的體積變小、變形，細(xì)胞膜完整但出現(xiàn)發(fā)泡現(xiàn)象，細(xì)胞凋亡晚期可見(jiàn)凋亡小體。
貼壁細(xì)胞出現(xiàn)皺縮、變圓、脫落。
（2） 染色細(xì)胞：常用姬姆薩染色、瑞氏染色等。凋亡細(xì)胞的染色質(zhì)濃縮、邊緣化，核膜裂解、染色質(zhì)分割
成塊狀和凋亡小體等典型的凋亡形態(tài)。
2 熒光顯微鏡和共聚焦激光掃描顯微鏡
一般以細(xì)胞核染色質(zhì)的形態(tài)學(xué)改變?yōu)橹笜?biāo)來(lái)評(píng)判細(xì)胞凋亡的進(jìn)展情況。
常用的DNA特異性染料有：HO 33342 (Hoechst 33342)，HO 33258 (Hoechst 33258), DAPI。三種染料與 DNA的結(jié)合是非嵌入式的，主要結(jié)合在DNA的A-T堿基區(qū)。紫外光激發(fā)時(shí)發(fā)射明亮的藍(lán)色熒光。