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   為證明原位雜交實驗操作的準確性和實驗結果的可靠性，必須設置一系列對照實驗。對照實驗的設置應根據(jù)核酸探針和靶核酸的種類以及現(xiàn)有的可能條件選定。一般應在下述幾種對照實驗中選擇3～4種，以證實雜交結果的可信性。
 
    組織對照

    1．Southern或Northern印跡反應  原位雜交能在組織細胞原位顯示待測核酸(DNA或RNA)的存在。為了進一步證實原位雜交所顯示的核酸是否存在于被檢組織內，可從被檢組織中提取DNA或總RNA，然后分別用Southern或Northern印跡法進行檢測。一般情況下，Southern或Northern印跡反應結果與原位雜交結果一致，兩者互相支持。但是，當陽性細胞在被檢的組織中所占比例很小時，原位雜交結果可能為陽性，而印跡反應則由于靶核酸的含量太低而呈陰性結果。

    2．免疫組織化學  如果能獲得靶基因產(chǎn)物抗體，可結合免疫組織化學方法，從蛋白質(或多肽)水平在相鄰切片或同一切片中證明蛋白 質(或多肽)和相應的mRNA共存于同一細胞中。